Sekolah Menengah Kebangsaan Mutiara Rini  mula beroperasi  pada 1 Januari 2001 di bawah pengurusan pengetua pertama, Puan Halimah Binti Ali sehingga 15 Julai 2001. Pengetua kedua, Puan Hajah Siti Raudah Binti Moh meneruskan pentadbiran sekolah ini mulai 16 Julai 2001 sehingga 31 Januari 2006. Mulai 1 Februari 2006  sehinggalah 30 November 2012, sekolah ini diterajui pula oleh Puan Mariani Binti Mohd Saad selaku pengetua ketiga. Seterusnya, pengurusan sekolah ditadbir urus Puan Hajah Halina Binti. Hasnan yang telah memulakan tugas sebagai pengetua keempat pada 1 Disember 2012 hingga 14 Disember 2015.

Sekolah ini terletak di tengah-tengah kawasan perumahan Taman Mutiara Rini, Skudai, Johor Bahru iaitu kira-kira 25 kilometer dari Bandaraya Johor Bahru. Kali pertama beroperasi, pada tahun 2001, hanya seramai 17 orang guru dan 965 orang murid. Pada tahun 2003, sekolah ini mendapat penghargaan sebagai sekolah termuda di Johor Bahru yang menubuhkan Tingkatan Enam.

Sekolah ini dibina untuk memenuhi keperluan pendemokrasian pendidikan di bawah Rancangan Malaysia Keenam (Program Kementerian Pendidikan Malaysia) dan dibina melalui kaedah ‘design and build’ oleh pihak pemaju perumahan Mutiara Rini Bhd. Mengikut perancangan asal sekolah ini dibina untuk Pengoperasian Program Sekolah Bestari. Logo sekolah  telah dicipta oleh En Ismail Bin Rahim  iaitu guru Pendidikan Seni yang bertugas di sekolah ini pada tahun 2001. Lagu sekolah yang bertajuk “Cemerlang Gemilang” pula ialah hasil nukilan En Mohd Hamizan Bin Md Aris, guru sandaran SMK Mutiara Rini pada ketika itu.

Sekolah ini dilengkapi dengan kemudahan-kemudahan fizikal meliputi 36 buah bilik darjah, tiga buah bengkel Kemahiran Hidup dan enam buah makmal sains. Kemudahan-kemudahan lain adalah seperti surau, koperasi sekolah, kedai buku, bilik kesihatan, makmal komputer, bilik seni, bililk muzik, makmal bahasa dan galeri sejarah

Infrastruktur sekolah ini telah ditambah baik dengan pembinaan sebuah astaka yang diberi nama `Astaka Sri Mutiara`. Astaka tersebut telah dirasmikan oleh Tn. Ir. Khushairi Bin Mohd Hashim, Pengurus Besar Kanan Mutiara Rini Bhd pada 30 Jun 2012. Pada tahun 2013 pula, dewan terbuka telah dibina dan dinamakan Dewan Mutiara. Dewan terbuka ini telah dirasmikan juga oleh Tn. Ir. Khushairi Bin Mohd Hashim, Pengurus Besar Kanan Mutiara Rini  Bhd pada 11 Oktober 2013 . Sekolah ini juga turut dilengkapi dengan sebuah blok tingkatan 6 yang mempunyai empat bilik darjah dan mula digunakan pada 25 Januari 2013.

Pada tahun 2015, hasil cetusan idea Yang Berusaha, Puan Pengetua iaitu Puan Hajah Halina  Binti Hasnan, terbinalah dua buah wakaf MBMMBI khusus buat warga SMKMR. Dua buah wakaf yang dikenali sebagai Balai Pendeta (Bahasa Melayu) dan The Rostra (Bahasa Inggeris) bertujuan  memartabatkan penggunaan Bahasa Melayu dan memantapkan penggunaan Bahasa Inggeris. Wakaf ini telah dilengkapi dengan papan informasi dan bahan bacaan berkaitan Bahasa Melayu dan Bahasa Inggeris untuk kegunaan para pelajar khususnya. Selain itu, beberapa prasarana sekolah telah dinaik taraf untuk keselesaan warga sekolah seperti kantin, surau, koperasi, galeri sejarah dan bilik kesihatan.